嘉基大腸直腸外科是嘉南地區醫院中最早獨立成專業分科的醫療單位，成立至今已近十八年，結合來自醫學中心陣容堅強的醫師群，提供病患全方位的醫療照護。本科的診治範圍有大腸直腸肛門腫瘤(瘜肉、良性腫瘤、惡性腫瘤)、大腸直腸良性疾患(憩室、潰瘍性結腸炎等)、肛門周圍良性疾患(痔瘡、廔管、膿瘍、肛裂等)、大腸直腸功能性障礙、便秘、腹瀉、肛門失禁、直腸脫出等疾病。本科內視鏡設備完善，技術精良，常規施行無痛大腸鏡篩檢或治療。另外配備有先進的3D立體微創腹腔鏡器械，與歐美日同步。大腸直腸癌微創3D手術，用精密腹腔鏡進行適當之大腸直腸切除手術，可以大幅縮小傷口，減少傷口疼痛，縮短住院天數，效果良好。
另外在痔瘡、廔管的手術治療，本科發展多項微創手術，包括痔瘡環狀切除手術、雷佳射(Ligasure)手術、廔管內視鏡微創手術，效果良好，獲得國外醫師肯定。
