本科秉持不斷創新，發展特色醫療的精神，在臨床醫療照護上有多項的特色，包括：
- 術前同步電化療，致力於中低位直腸癌肛門保留手術。
- 針對第三-四期大腸直腸癌病患使用最新化療藥物及標靶藥物(Avastin、Erbitux、Vectibix、Stivarga)，提升整體病患存活率或延長存活期。
- 全面執行腹腔鏡手術治療大腸直腸癌，病患術後恢復快速，預後良好。
- ESD(Endoscopic Submucosal Dissection內視鏡黏膜切除術)、EMR(Endoscopic mucosal resection內視鏡黏膜剝離術)等內視鏡手術，治療早期大腸直腸癌 (superficial T1)及無莖性腺瘤性息(sessile polyp)，免除病患腸段切除手術苦，治療效果良好。
- 痔瘡、廔管微創手術，術後恢復迅速、口碑良好。
近期因手術技術抗癌藥物及放射線治療的進步，讓本科治療大腸癌的工具更趨完善，大大提升大腸直腸癌存活率，根據國健署的資料顯示嘉基大腸直腸癌五年存活率優於全國平均值5%以上，成績斐然，獲得國家SNQ品質認證。展望未來，隨著醫院的擴建與設備的提升，大腸直腸肛門外科將以更高層次的品質服務病患，成為雲嘉南地區最完善的大腸直腸癌治療中心。